Sakura Gozen lấy bối cảnh tại lãnh địa Ouma mang phong cách Nhật Bản cổ. Nhân vật chính Sakura Ouka là một nữ samurai mạnh mẽ nhưng hơi ngốc nghếch. Giữa thời bình, cô thất nghiệp, rồi vì một sự cố mà mất cả nhà lẫn vũ khí. Trong lúc lang thang, Ouka cứu Suzune tại khu phố hoa. Cuộc gặp này khiến hai người quyết định cùng nhau khôi phục môn phái Sakura. Mục tiêu của họ là gây dựng danh tiếng và giành chiến thắng tại đại hội võ thuật Gozenjiai. Cốt truyện ban đầu khá hài hước, xoay quanh cuộc sống nghèo túng, những nhiệm vụ kỳ quặc và mối quan hệ thầy trò giữa Ouka với Suzune. Càng về sau, câu chuyện càng nghiêm túc hơn, xuất hiện những bí mật về quá khứ, bi kịch và số phận của các nhân vật.